As Instituições de Ensino Superior (IES), percebendo o acirramento da concorrência, reconhecem a importância de repensar sua forma de gestão, buscando uma visão mais competitiva e continuada. Assim, com o objetivo de contribuir para a gestão estratégica dessas instituições, especificamente as pertencentes ao sistema ACAFE, foi utilizada neste estudo a ferramenta de gestão Balanced Scorecard (BSC). Algumas etapas foram necessárias à sua adequação às universidades fundacionais catarinenses. Apresentaram-se e identificaram-se algumas características existentes no ambiente das universidades fundacionais catarinenses e suas peculiaridades em relação a outras organizações que não integram esse setor; realizaram-se os ajustes necessários à ferramenta Balanced Scorecard às universidades do sistema ACAFE; bem como a proposta da ferramenta auxiliar denominado mapa estratégico. Por último demonstrou-se a possibilidade de se desenvolver e utilizar o BSC acadêmico institucional como forma de integrar mais de um campus a gestão focada na estratégia.